RAPTOR

RAPTOR é um software inovador concebido especificamente para predição de estrutura de proteínas precisas. Ele combina ferramentas de análise avançadas em uma solução integrada de software e fornece três métodos de segmentação diferentes. Única abordagem de otimização de programação inteira do RAPTOR é mais eficaz para encontrar modelos de estrutura de alvos com baixa homologia de sequência e é capaz de gerar modelos de alta qualidade. A interface fácil de usar e fácil de compreender valores de E são ideais para iniciantes e experts. Acima de tudo, o display intuitivo da produção permite que os usuários a compreender os resultados simplesmente num ápice. Dada a uma sequência de proteína alvo, se houver uma proteína homóloga com a estrutura 3D conhecida, pode ser encontrado por meio de ferramentas de busca de sequência como PSI-BLAST, também fornecida em RAPTOR. A estrutura alvo é então construído a partir da estrutura conhecida; no entanto, quando a homologia de sequência não é significativo, ou seja, menos de 25%, o PSI-BLAST não pode vir até com uma batida confiante. Ao contrário PSI-BLAST, que simplesmente faz uma pesquisa seqüência, segmentação proteína, dobre reconhecimento, faz uso de ambos homologia e estrutura de informação. Ele verifica a sequência da proteína com uma estrutura desconhecida contra uma base de dados de estruturas conhecidas. Usando uma função de pontuação e realização de análise de compatibilidade entre as estruturas tridimensionais e sequências de proteínas lineares, o melhor modelo estrutural serão identificados a partir do qual construir a estrutura da seqüência. Como resultado, segmentação proteína dá uma previsão superior a modelagem de homologia quando há marginal homologia de sequência

Limitações :.

A funcionalidade limitada